如果房产证面积少了1000平方，这可能会显著影响房屋的市场价值和相关税费。根据《中华人民共和国物权法》的相关规定，房产证是房屋所有权的重要证明文件，面积差异可能导致房屋评估价值的变动，进而影响贷款额度、保险费用以及交易税费等。建议房屋所有权人及时携带相关材料到当地房管局申请更正登记，以确保房屋权益不受影响。法律依据为《中华人民共和国物权法》及其实施条例。
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除了申请更正登记外，如果房产证面积与实际面积不符，还可以通过以下方式解决：一是与开发商或卖方协商解决，要求更正或给予相应补偿；二是通过法律途径，如起诉至法院，请求确认房屋实际面积并判决更正。具体操作需根据实际情况选择。
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从法律角度，当房产证面积与实际面积不符时，房屋所有权人有权要求房管局更正登记，确保房产证上的面积与实际面积一致。同时，房屋所有权人还有权要求因面积差异造成的经济损失得到合理补偿，包括因面积减少导致的房屋价值降低、税费增加等。如协商不成，可通过法律途径维护自身权益。